El 8 de agosto de 2018, tras las tres primeras jornadas del Apertura 2018 Robert Siboldi renunció a la dirección técnica del equipo tras un conflicto con el jugador Gerardo Alcoba, inmediatamente Salvador Reyes de la Peña fue anunciado como su sustituto que consigue clasificarlos a la liguilla en cuarto puesto siendo eliminados en cuartos de final por el Monterrey con global de 0-3. Santos tuvo un buen inicio en el Clausura 2019, simultáneamente participó en la Liga de Campeones de la Concacaf 2019 donde eliminaría por contundentes globales al Marathón por 11-2 en octavos de final y al New York Red Bulls por 6-2 en cuartos de final; sin embargo, tras ser superado 3-0 por Tigres en la semifinal de ida y una caída estrepitosa en la liga, Salvador Reyes fue despedido el 4 de abril de 2019, dejando como interino a Rubén Duarte quien dirigió la semifinal de vuelta, la cual Santos ganó por marcador de 3-2 pero fue eliminado por marcador global.
