Muy similar a la década de los años 40 fue el accionar del Club Sport Herediano en los años sesenta, con la diferencia que en esta se logra únicamente un subcampeonato en el año de 1960 y un título en el año de 1961. Este último campeonato fue altamente conflictivo, ya que para abril de ese año 5 clubes (Deportivo Saprissa, Liga Deportiva Alajuelense, Orión, Club Sport Herediano y Club Sport Cartaginés) abandonaron la Federación Nacional de Fútbol, creando la Asociación Nacional de Fútbol de la cual el campeón fue el Club Sport Herediano.
